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1.

CXCL1: A new diagnostic biomarker for human tuberculosis discovered using Diversity Outbred mice.

Koyuncu, Deniz; Niazi, Muhammad Khalid Khan; Tavolara, Thomas; Abeijon, Claudia; Ginese, Melanie L; Liao, Yanghui; Mark, Carolyn; Specht, Aubrey; Gower, Adam C; Restrepo, Blanca I; Gatti, Daniel M; Kramnik, Igor; Gurcan, Metin; Yener, Bülent; Beamer, Gillian.

PLoS Pathog; 17(8): e1009773, 2021 08.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34403447

2.

Cell-based multi-parametric model of cleft progression during submandibular salivary gland branching morphogenesis.

Ray, Shayoni; Yuan, Daniel; Dhulekar, Nimit; Oztan, Basak; Yener, Bülent; Larsen, Melinda.

PLoS Comput Biol; 9(11): e1003319, 2013.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-24277996

3.

Prediction of Tuberculosis From Lung Tissue Images of Diversity Outbred Mice Using Jump Knowledge Based Cell Graph Neural Network.

Acharya, Vasundhara; Choi, Diana; Yener, BüLENT; Beamer, Gillian.

IEEE Access; 12: 17164-17194, 2024.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-38515959

4.

Novel image analysis approach quantifies morphological characteristics of 3D breast culture acini with varying metastatic potentials.

McKeen Polizzotti, Lindsey; Oztan, Basak; Bjornsson, Chris S; Shubert, Katherine R; Yener, Bülent; Plopper, George E.

J Biomed Biotechnol; 2012: 102036, 2012.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22665978

5.

Sublineage structure analysis of Mycobacterium tuberculosis complex strains using multiple-biomarker tensors.

Ozcaglar, Cagri; Shabbeer, Amina; Vandenberg, Scott; Yener, Bülent; Bennett, Kristin P.

BMC Genomics; 12 Suppl 2: S1, 2011.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21988942

6.

Quantitative metric profiles capture three-dimensional temporospatial architecture to discriminate cellular functional states.

McKeen-Polizzotti, Lindsey; Henderson, Kira M; Oztan, Basak; Bilgin, C Cagatay; Yener, Bülent; Plopper, George E.

BMC Med Imaging; 11: 11, 2011 May 20.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21599975

7.

Deep Learning of Simultaneous Intracranial and Scalp EEG for Prediction, Detection, and Lateralization of Mesial Temporal Lobe Seizures.

Li, Zan; Fields, Madeline; Panov, Fedor; Ghatan, Saadi; Yener, Bülent; Marcuse, Lara.

Front Neurol; 12: 705119, 2021.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-34867707

8.

Multiway analysis of epilepsy tensors.

Acar, Evrim; Aykut-Bingol, Canan; Bingol, Haluk; Bro, Rasmus; Yener, Bülent.

Bioinformatics; 23(13): i10-8, 2007 Jul 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17646285

9.

Focal Onset Seizure Prediction Using Convolutional Networks.

Khan, Haidar; Marcuse, Lara; Fields, Madeline; Swann, Kalina; Yener, Bulent.

IEEE Trans Biomed Eng; 65(9): 2109-2118, 2018 09.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-29989952

10.

Proteomics reveals multiple routes to the osteogenic phenotype in mesenchymal stem cells.

Bennett, Kristin P; Bergeron, Charles; Acar, Evrim; Klees, Robert F; Vandenberg, Scott L; Yener, Bülent; Plopper, George E.

BMC Genomics; 8: 380, 2007 Oct 19.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17949499

11.

Augmented cell-graphs for automated cancer diagnosis.

Demir, Cigdem; Gultekin, S Humayun; Yener, Bülent.

Bioinformatics; 21 Suppl 2: ii7-12, 2005 Sep 01.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-16204128

12.

Prediction of Growth Factor-Dependent Cleft Formation During Branching Morphogenesis Using A Dynamic Graph-Based Growth Model.

Dhulekar, Nimit; Ray, Shayoni; Yuan, Daniel; Baskaran, Abhirami; Oztan, Basak; Larsen, Melinda; Yener, Bulent.

IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform; 13(2): 350-64, 2016.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-27070978

13.

The cell graphs of cancer.

Gunduz, Cigdem; Yener, Bülent; Gultekin, S Humayun.

Bioinformatics; 20 Suppl 1: i145-51, 2004 Aug 04.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-15262793

14.

Learning the topological properties of brain tumors.

Demir, Cigdem; Gultekin, S Humayun; Yener, Bülent.

IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform; 2(3): 262-70, 2005.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-17044189

15.

Lung necrosis and neutrophils reflect common pathways of susceptibility to Mycobacterium tuberculosis in genetically diverse, immune-competent mice.

Niazi, Muhammad K K; Dhulekar, Nimit; Schmidt, Diane; Major, Samuel; Cooper, Rachel; Abeijon, Claudia; Gatti, Daniel M; Kramnik, Igor; Yener, Bulent; Gurcan, Metin; Beamer, Gillian.

Dis Model Mech; 8(9): 1141-53, 2015 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-26204894

16.

Coupled analysis of in vitro and histology tissue samples to quantify structure-function relationship.

Acar, Evrim; Plopper, George E; Yener, Bülent.

PLoS One; 7(3): e32227, 2012.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22479315

17.

Web tools for molecular epidemiology of tuberculosis.

Shabbeer, Amina; Ozcaglar, Cagri; Yener, Bülent; Bennett, Kristin P.

Infect Genet Evol; 12(4): 767-81, 2012 Jun.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-21903179

18.

Inferred spoligoforest topology unravels spatially bimodal distribution of mutations in the DR region.

Ozcaglar, Cagri; Shabbeer, Amina; Kurepina, Natalia; Rastogi, Nalin; Yener, Bülent; Bennett, Kristin P.

IEEE Trans Nanobioscience; 11(3): 191-202, 2012 Sep.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22987125

19.

Multiscale feature analysis of salivary gland branching morphogenesis.

Bilgin, Cemal Cagatay; Ray, Shayoni; Baydil, Banu; Daley, William P; Larsen, Melinda; Yener, Bülent.

PLoS One; 7(3): e32906, 2012.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22403724

20.

Epidemiological models of Mycobacterium tuberculosis complex infections.

Ozcaglar, Cagri; Shabbeer, Amina; Vandenberg, Scott L; Yener, Bülent; Bennett, Kristin P.

Math Biosci; 236(2): 77-96, 2012 Apr.

Artículo en Inglés | MEDLINE | ID: mdl-22387570

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